На виконання Закону України «Про загальну середню освіту», наказу Головного управління освіти і науки виконавчого органу Київської міської ради від 14.12.2012 № 315, наказу Міністерства освіти і науки України від 14.02.2005 №99, на виконання наказу управління освіти від 22.10.2012 №457 з 11.11.2013 по 25.11.2013 проведено експертизу еколого-природничого ліцею №116 міста Києва.

30.10.2013 в ліцеї відбулася педагогічна рада на тему: «Роль науково-методичних об’єднань та творчих груп  у  розвитку професійної компетентності та творчого потенціалу вчителя»

23 жовтня відбувся Четвертий Всеукраїнський біологічний форум студентської та учнівської молоді «Дотик природи – 2013», у якому взяли участь 158 учнів з усіх регіонів України. 9 учнів Еколого-природничого ліцею №116 міста Києва представили свої проекти на конкурс Форуму. Учні 11 класу Глєбова Софія та Лужевський Вадим вибороли ІІІ призові місця.